在研究大屠杀的规模及其遇难者人数的时候，碰到的最大问题，是缺乏足够的统计资料。
在研究大屠杀的规模及其遇难者人数的时候，碰到的最大问题，是缺乏足够的统计资料。在屠杀现场上，被屠杀同胞是受害者，即使有人侥幸存活下来，也因恐怖地挣扎在死亡线上，而无法说清较为准确的数字；日本侵略军是血腥屠杀的执行者，他们当然不愿也不会给历史留下什么可靠的凭据。如将当年审判战犯军事法庭判定的各起集体屠杀的人数相加，也只是整个南京大屠杀中屠杀规模较大的那一部分的总和，但面广量大的分散、零星屠杀中，遇难者的人数则很难求证。
后来，人们逐渐将目光移向尸体的掩埋和处理上，并且取得了一定的成果。因为人死了，总有尸体；有尸体，就需要掩埋和处理。而在掩埋和处理尸体的过程中，又必然要涉及到人力、时间、经费、工具等多方面的因素，这就会自然地形成一批档案和口碑资料。迄今为止，学术界在对遇难同胞尸体掩埋与处理的研究中，一直延用着红卍字会南京分会、崇善堂、红十字会、同善堂四家慈善机构，上新河、城南、回民三支市民掩埋队，第一、下关二伪区政府收尸的架构与模式。现在，由于大量新鲜档案资料的发现与中日双方口述资料的出现，已经大大丰富了对埋尸统计的层面，从而改变与完善了研究尸体掩埋与处理的架构。在慈善机构中，新发现了红卍字会八卦洲分会、代葬局、顺安善堂、明德慈善堂四家；市民掩埋队中，发现了北家边村民掩埋队；伪区政府中发现了第二、第三两区。此外，还涌现出大量日军部队直接处理尸体的第一手资料。
从大的方面来说，对尸体的掩埋和处理，有慈善团体、市民群体、伪政权与日军部队这四条渠道。
第一条渠道：慈善机构共收埋尸体19.8万具
（1）世界卍红字会南京分会收埋尸体43123具
世界卍红字会总会1922年设立于北京，最早的领导人是前清道台杜秉寅，后为徐世光、熊希龄、王正廷等人。它是一个由仕绅阶层领导的慈善救济组织。全国各省市共设分会、支会300余个，互为平行关系，均直属总会领导。有的城市，同时有两个以上分会，在向政府登记时，也各自独立门户。南京及其近郊即有南京分会、南京下关分会、八卦洲分会三家。南京分会成立于1923年，会址设在小火瓦巷24号，会长由陶锡三担任。该会设董事长1人，副董事长2人，常务董事5-6人，均由会员大会推举，下设总务、储计、防灾、救济、慈业、交际等六股。主要事业为“施药、施医、掩埋、救济”。南京分会在南京沦陷前，即已开展救济收容工作，扩充了救济队，派遣救济人员分赴车站、码头接护收容，两月余共收容从沪、锡、常逃来的难民15.5万余名；南京失陷后，设立临时办事处于安全区内的宁海路2号，欧阳都麟任救济队长，专办救济事务，设难民收容所10处、粥厂2处，散发衣、米、杂粮等物。
南京分会在难民区成立了掩埋组，自1937年12月22日起，开始从事收埋尸体工作。凡参加该会收埋尸体者，皆着深蓝色褂或背心，其前胸后背都印有白底红卍字；后来埋尸队员多了，来不及制作衣服，便以袖章为记。掩埋队工作时，执红卍字旗帜为标识，以保证掩埋工作的顺利进行。
由于红卍字会的埋尸活动，可以帮助日伪当局整理市容、清扫卫生，从而也使得日军大屠杀的罪证不再继续公开暴露于市井，因而得到了日军的同意和批准。该会于1945年呈报之《民国二十六年至三十四年慈善工作报告书》中称：
自二十六年十二月十三日南京沦陷以后，城内外被敌日残戮之军民，遗尸遍地，臭气熏天，既碍卫生，又违人道，得敌日之商许，及沪会援助，扩充掩埋组，增派员达六百名，分配城郊各处，逐日从事掩埋。惟原存棺木千具已罄，改用芦席包裹，洒以石灰、漂粉消毒，分区丛葬，共计义冢七十丘，掩埋尸体四万三千一百二十一具，历四阅月之久工作完竣，斯为世界红字会有史以来掩埋工作之最大记录。（世界卍红字会南京分会《民国二十六年至三十四年慈善工作报告书》，1945年，南京市档案馆藏，档案号1024—1—34512）
该报告书中所称共掩埋尸体43121具，对照战后呈送审判战犯军事法庭的统计表，稍有出入。其统计表相加有误，经核正后，自1937年12月22日至1938年10月30日的10个月中，共在城内收埋尸体1793具，其中男尸1759具，女尸8具，孩尸26具；在城内外收埋尸体葬于城外者41330具，其中男尸41235具，女尸75具，孩尸20具；总计收埋尸体43123具（表中误加为43071具）。（孙宅巍主编《南京大屠杀》，北京出版社1997年版，第394—397页）《报告书》中的埋尸43121具，与统计表中埋尸43071具，及校正后的43123具，虽有所出入，但百位数后的数字，对于研究红卍字会收埋尸体的工作及南京大屠杀的规模来说，并不重要。
（2）世界红卍字会八卦洲分会收尸1559具
最近首次从档案资料中，发现了世界红卍字会八卦洲分会（又称八卦洲支会）曾在南京大屠杀期间收埋尸体的记录。
按世界红卍字会的组织系统，各分、支会均独立存在，在国民政府有关部门的统计表中，各分会亦分别填表列项。
世界红卍字会八卦洲分会，正式成立于1941年3月3日，会长刘蓝田，责任副会长赵静仁，副会长董嘉珊，会址设于燕子矶八卦洲乡乡路街商场内，以施药、施棺、办学为常年慈务，每年冬临时施放馍馍、大米、玉秫秫及法币等物，办有八卦洲第一、第二小学。该会筹备时期较长，在未正式成立前，实际早已打出红卍字会八卦洲分会的旗号。早在1937年南京沦陷前，南京城内成立安全区、红卍字会南京分会成立救济队时，遂由柯秀山（1941年病故）、易都权筹备现款、米麦，发起组织红卍字会八卦洲分会，邀集董嘉珊（1942年病故）、赵静仁、殷半农、张熙平、刘歧峰、朱捷三等人，成立收容所、赈济队、运送队、掩埋队，曾于城陷前夕，组织船只，经七日夜，运送撤守官兵3.7万余人过江至江北，并收容、治疗、资遣伤兵23人，掩埋沿江尸体1500余具，设立粥厂10余处。旋由刘蓝田赴红卍字会东南主会请训，置地址18亩土地，由老祖在东南主院坛指定地址并开工日期，兴工建造，历2年始告完成。
在该会的档案资料中，关于掩埋尸体一项，有两种不同的记录。
第一件，1945年12月20日，由会长刘良修（即刘蓝田）、责任副会长赵静仁等向中华总会呈报南京沦陷前后，护送官兵渡江情形的函件中，提及：“沿洲江岸，被敌舰机枪射死者一百八十四名，沿江两岸浮尸一千二百十八具，在江中打捞者一百五十七具，分别掩埋。”（世界红卍字会八卦洲分会致中华总会函，1945年12月20日，中国第二历史档案馆藏，档案号二五七—368）上述掩埋尸体数字总计为1559具。
第二件，1941-1942年间，红卍字会八卦洲支会填写的一份慈善机构调查表，内有“在前救护之时，掩埋江边浮尸一万余俱（具）”之记录。（《世界红卍字会各地分支会会务概况调查表》，1941-1942年间，中国第二历史档案馆藏，档案号二五七—242）
上述两种说法，埋尸数字悬殊颇大。可能系填写时的笔误；也可能两种数字均为有效，各有特定解释。现为稳妥起见，在没有新的资料揭开这一谜底之前，计入南京市慈善机构埋尸总数时，暂保守地按1559具计算。
（3）南京市崇善堂收尸112266具
该堂为私立慈善团体，前身为恤嫠局，于清嘉庆二年（1797年）由金襄等人在南京劝募设立，清同治四年（1865年）改称崇善堂。1929年5月，向南京市政府社会局办理注册手续，领取了执照。据其申报，该堂“系地方私人共同设立，办理一切社会慈善事业”，共有堂产4处，约5000余亩，房产19处，堂址设城南金沙井32号。
南京沦陷前夕，崇善堂迁入难民区，开始从事设诊送药、施米冬赈等救济难民工作。不久，由于大批南京同胞惨遭日军屠杀，尸横遍野，便组织了“崇字掩埋队”。堂长周一渔兼任掩埋队队长，下设4个分队，每队设主任一名，供伙食，无薪给；队员1名，日给米8合；役10名，每人日给米6合。崇字掩埋队持有特殊通行证，队员着特制背心，前后均印有白底黑字“崇善堂”字样。该队活动地域以中华门、新街口、鼓楼、挹江门以东为主，南至中华门外花神庙、通济门外高桥门，北至挹江门城墙根，东至中山门外马群，有时也活动至水西门外上新河一带。
崇字掩埋队的工作时间，自1937年12月26日至1938年5月1日，共历时4个多月。据其战后呈送给审判战犯军事法庭的统计表，自1937年12月下旬至1938年4月上旬，共于城区收埋尸体7548具，其中男尸6741具，女尸522具，孩尸285具；自4月7日起，开始转往乡区工作，至5月1日，共收埋尸体104718具，其中男尸102621具，女尸1569具，孩尸528具；总计收埋尸体11266具。（《南京市崇善堂掩埋队工作一览表》，中国第二历史档案馆藏，档案号五九三—37）
关于崇善堂收埋尸体的统计表，现于中国第二历史档案馆、南京市档案馆和南京市博物馆保存着三种不同的版本，其收尸时间、地点、数字基本相同，但稍有差异。二档版收尸总数为112266具，其中男尸总数为109362具；而市档版与市博版收尸总数为112267具，其中男尸总数为109363具。因战后远东国际军事法庭与中国审判战犯军事法庭的判决均依据了二档版之收尸112266具之说，故本文也采用此说。
上述掩埋队工作一览表尚附有城区、乡区两个附件，说明了掩埋的组织，与红字会掩埋队的分工，以及掩埋过程中所见尸体惨状。从行文口气来看，多有“伪宪兵”、“敌人”、“日寇”等用语，当确认此项文件属战后形成，即为掩埋工作的后期资料。正因为如此，日本田中正明等人，为了否认南京大屠杀的存在，特别把攻击的矛头集中于崇善堂的掩埋尸体活动上。出版商阿罗健一诬指：“在攻陷南京前后，任何地方都没有崇善堂进行埋葬活动的痕迹”；崇善堂提供的埋尸资料“纯属捏造”。田中正明还提出：崇善堂收尸到4月以后“开始急剧增加”，违背了“通常应是初期多，越到后来越少”的规律。
崇善堂的埋尸活动，不像红字会那样，有众多过程性的前期统计资料，来支持它的埋尸总数，这是件令人遗憾的事情；同时，这也是史学界需要努力挖掘资料，以求解决的问题。但是，即从现在已经掌握的一些崇善堂前期资料来看，也足以证明它是确确实实地进行了收埋尸体的工作。
（4）中国红十字会南京分会收尸22691具
该会全称为“中国红十字会南京分会”。中国红十字会初创于清光绪三十年（1904年），旋于光绪三十三年（1907年）与万国红十字会缔结同盟；1934年9月于上海召开第一次全国代表大会，该组织设总会与分会。总会设上海，以内政部为主管官署；分会隶属于总会，以所在地方行政官署为主管官署。南京原有两处分会，一于1912年设于下关，一于1927年设于城内。后因一地不能有两个分会，下关分会遂于1937年秋改称为“中国红十字会南京分会办事处”，城内分会于南京沦陷前迁往重庆。南京沦陷后，下关之分会办事处以“中国红十字会南京分会”的名义，从事施粥、掩埋、施材、施医送药等项慈善救济工作。该会共有员工80余人，由施医送药所所长郭子章任理事，义务小学校长陆伯衡任干事。
该会的收埋尸体工作，开始于1937年12月24日，分两队进行。据现今完好保存的该会埋尸统计表原始资料记载：在1938年1月5日以前，掩埋一队已在和平门外联合乡人，共埋军民尸体5704具；掩埋二队已在下关一带掩埋军民尸体3245具。两队合计收埋尸体8949具。后因得到日军正式许可，遂自1月6日起，有了按日、按月并载明发现地点的精确记录。其收埋尸体的地域，以下关为主，有时也展延到外围地区，东至迈皋桥，西至水西门，南至鼓楼、新街口一带。掩埋一队的按日记录，自1938年1月6日起，至5月31日毕，共计埋尸7007具；掩埋二队的按日记录，自1938年1月6日起，至3月31日毕，共计埋尸6735具。两队总计收埋军民尸体22691具。（《中国红十字会南京分会掩埋队埋尸统计表》（共10件），南京市档案馆藏，档案号1002—2—1024）
中国红十字会南京分会的埋尸统计表共10件，成于当时，其月报表均为当月最后一日填报，非事后追忆。各统计表精确，一丝不苟。一、二两队自1938年1月6日至3月31日，均逐日填写，一天不漏。4月以后，二队已停止收尸，专事清洁工作；一队亦方数日归并填报，或隔日填报。
该会在1938年7月14日的一份工作报告中写道：
本分会掩埋队自二十六年（按指1937年）十二月间起，即在下关沿江及和平门外附近一带，从事掩埋工作。综计在此六阅月内，共掩埋军民尸体二万二千三百七十一具。此项尸体多数系掘土掩埋。用棺木者只有数百具。现仍在下关沿江一带，捞取上游飘［漂］来浮尸，随时加以掩埋。此项掩埋役，系由本会所收容难民充任，仅供食宿，不付工金。（《中国红十字会南京分会关于难民救济工作概况》，1938年7月14日，南京市档案馆藏，档案号1002—2—1024）
鉴于红十字会的埋尸记录，全系原始的前期资料，故可信度高，向无争议与疑问。
（5）南京同善堂收埋军民尸体7000余具
该堂成立于光绪二年（1876年），由缎业同仁集资组成。堂址设于中华门外雨花路，负责人黄月轩，以埋葬、施药、施材为主要活动内容。南京沦陷前专收死殇婴孩，为之匣殓埋葬，有房产50余间，专为停棺之用。
南京沦陷后，同善堂为埋葬被日军屠杀同胞之尸体，专门组织了掩埋组，组长刘德才，副组长戈长根，在城南一带从事掩埋遇难军民尸体工作。该堂至战后还完好保存着刘德才当年收埋尸体时使用的白粗布臂章。臂章上印有醒目的红十字符号，加盖了“南京雨花台同善堂图记”长戳，并写有“南京市同善堂掩埋组组长刘德才”字样。该堂共掩埋军民尸体7000余具。
1947年1月，该堂掩埋组长刘德才曾在审判战犯谷寿夫的军事法庭上出庭作证。他说：
我同戈长根两人所经手掩埋的尸首就有七千多了。区公所后面所埋的二千多人都是老百姓，东干长巷二千多是有军人有老百姓，兵工厂300多，水台200多，还有多少衣服脱光了关在制造局的楼上用火烧死的。杨巷两个地洞内的人是被日本人用木头和草将洞口堵死在内边烧死了的，还有个学堂内也烧死了几十个人。（《国防部审判战犯军事法庭关于掩埋尸体的调查笔录》，1947年1月25日，中央档案馆等编《日本帝国主义侵华档案资料选编》第12册《南京大屠杀》，中华书局1995年版，第706页）
同善堂收尸，既有埋尸组正副组长刘德才、戈长根作证，又有当年印有戳记的臂章为凭，且其埋尸地点，正好是被审判战犯谷寿夫所率部队驻扎之地，是为社会关注焦点，需接受众多当地居民之指证。因此该堂所报埋尸数字，应为可信。
（6）南京代葬局收尸1万余具
南京代葬局成立于清光绪二十九年（1903年），由地方士绅创办，主要慈善业务为施材、代葬、掩埋、停柩等。1935年时主持人为刘友伯；1936年重新立案，主持人艾善，有财产9100元。局址设保泰街十庙口。南京沦陷后，该局曾自行收埋被惨杀军民尸体，后随其掩埋队长夏元芝供职于伪南京市自治委员会救济科及伪督办南京市政公署卫生处（局），其掩埋队亦受雇于伪政权相关机构，继续从事掩埋工作。夏元芝，约于1890年出生于南京，抗战前为南京市代葬局董事，南京沦陷后，初任伪南京市自治委员会救济组组长、救济科查放主任，后任伪督办南京市政公署及伪南京市政府卫生处（局）第一科调查主任，兼掩埋队队长，1939年5月曾受伪督办南京市政高冠吾之命，前往灵谷寺东之无主孤魂墓致祭三千被屠杀军民，1940年（亦说1941年）卸伪职，改当律师，抗战胜利后曾以汉奸嫌疑被拘押，旋因有掩埋遇难军民之功而未以汉奸论处。
1946年10月，夏元芝因汉奸嫌疑被拘押时，于辩护状中提及，自己曾率代葬局员工，收埋被惨杀军民尸体万余具，他写道：
迨首都沦陷后，本市军民为敌军惨杀者为数甚众，因之尸体遍地，伤心惨目。被告惄焉忧之，遂即派员率领代葬局全体掩埋役，终日收埋被惨杀之军民尸体约万余具。（夏元芝辩护状，1946年10月7日，南京市档案馆藏，档案号1027—1—825）
这是档案资料中，迄今所能查得的唯一一份，能够完整证明南京代葬局在南京大屠杀期间，收埋了1万余具尸体的资料，即既标明了收埋尸体的单位是代葬局，又说清了收埋尸体的数字达1万余具。这一说法，还得到其他一些零星资料的支持。
夏元芝被拘押期间，曾于1946年8月1日接受首都高等法院检查处庭讯，其庭讯记录中载有：
问：在你手里埋了好多死人？
答：埋了一万多人。
（首都高等法院检查处庭讯笔录，1946年8月1日，南京市档案馆藏，档案号1027—1—825）
夏元芝还在8月5日的一份辩护状中，为自己没有在收尸过程中搜取尸身财物进行辩解，其内容也涉及埋尸1万余具的数字。他写道：“七、谓民人掩埋尸体万余具，曾搜取尸体财物一节。按民人系掩埋队长，并非实地工作之人，仅负监督之责，而当时掩埋之役殷昌和、董广福等十人，均仍在本市保泰街代葬局（慈善机关）服务，随时均可到庭质询。”（夏元芝辩护状，1946年8月5日，南京市档案馆藏，档案号1027—1—825）此处关于夏是否搜取尸身财物的怀疑与辩护，已无实际意义；其文字适可证明，由夏率领的员确实收埋了万余具尸体，并这些员至1946年8月，仍在代葬局工作。对此，还有一份首都高等法院讯问伕役殷昌和、董广福的笔录可资证明。
问：殷昌和年、住、职业？
答：五十七岁，山东人，住保泰街，在代葬局十几年了。
问：你们在事变时埋死尸很多，尸身衣服、首饰搜得很多么？
答：没有搜过首饰，收的尸首都是苦家，都是没有衣服首饰的。
问：董广福年、住、职业？
答：四十四岁，山东人，住保泰街，在代葬局做事。
问：你在代葬局有多少年？
答：有十几年。
问：在事变时，你们埋的尸首很多，尸身的首饰也很多吗？又搜出来的首饰是交给谁呢？
答：尸身上没有首饰，死尸都是很穷的人家。
问：你们在沦陷时埋死尸是否受夏元芝来指挥你们吗？
答：是的。
（首都高等法院讯问代葬局掩埋队伕役殷昌和、董广福笔录，1946年10月19日，南京市档案馆藏，档案号1027—1—825）
这份讯问笔录，可以说明以下几个问题：第一，殷、董二人均承认一直在代葬局工作，而且已工作了“十几年”。按时间推算，1937年时，无疑也是在代葬局工作，即那时所埋尸体，应为代葬局所为。第二，殷、董在回答中，并未说自己的工作单位有过改变，而现今又确可从伪政权的埋尸队中查到他们的名字。这说明，夏元芝将代葬局员工拉过去收埋尸体时，既是为伪政权的救济、卫生机构工作，同时仍未改变原有慈善机构员工的身份。第三，夏元芝后来虽去伪政权中任职，但他仍领导着代葬局的一批员工，在“指挥”他们工作。因此，夏元芝率领员所收埋的1万余具尸体，似既可记在代葬局项下，又可记在伪政权项下，但在计算全市埋尸总数时，只能取其中之一项。代葬局作为一家慈善机构，曾积极活跃于南京大屠杀埋尸工作中，应是没有疑问的。
（7）顺安善堂收尸约1500具
顺安善堂于清同治年间由绅民筹办，堂址设燕子矶区燕子矶镇，民国以来，先后由缪鲁南、萧石楼主持，慈业内容有送诊、施药、施材、施茶、冬赈等。最新发现的由周其芳、区长萧石楼二人对该堂情况所作的调查登记表，中有：“迨至南京事变后，对于掩埋沿江野岸遗尸露骨，人工费用，约去陆佰元。施材一项，以本年计算，约有柒佰贰拾元。”（顺安善堂调查登记表，1940年12月17日，南京市档案馆藏，档案号1002—2—1027）从上述登记内容来看，顺安善堂在南京大屠杀期间参加了掩埋尸体工作，是肯定的，因花去了600元雇工埋尸。问题在于，究竟收埋了多少具尸体，却无记载。要把这600元雇工费，换算成收埋尸体数，并无确定的换算方法。按照当时在南京城内外收尸的费用、支付办法，一是计件工资，收一具尸体付给0.4元，如水西门外湖南木材商人盛世征、昌开运之雇工收尸；二是计时工资，工作一天付给0.4元，如国际委员会资助红字会之雇工收尸。若按计件工资计算，600元应收埋1500具尸体；若按计时工资计算，一般说来，平均每个工应不止只收埋1具尸体，尤其像顺安善堂这样的小慈善机构，非在尸体大量堆积时期，不会花钱雇工专门从事这项工作。如此分析，按计时工资计算，所收埋的尸体应大大多于按计件工资收埋数。为求稳妥起见，按保守的方法计算，顺安善堂花费600元雇工埋尸，其最低的收尸数字应为1500具。
（8）明德慈善堂收尸700余具
明德慈善堂于清同治初年（1862年）始设于长沙，民国15年设分堂于南京，1932年起以南京堂为总堂，堂址洪武路洪武新村，堂长陈家伟，主要慈业为施药、送诊、施材、掩埋、散米、施医、设学校工厂等。最近发现的两份档案资料可以证明，该堂在南京大屠杀期间，曾雇工掩埋尸体达700余具。堂长陈家伟于1940年12月26日致函伪社会局暨伪南京市长，报告慈务情况，内称：
事变后，家伟由难民区回堂，力谋整理，竭志恢复。是时房屋破坏，器物损失，人力、财力均感困难，借钱、借米，勉强支持。一面雇用子十余人，掩埋尸首，一面修理房屋，筹办平民小学、平民医院、平民工厂、平民图书馆，以期聊尽棉薄。（陈家伟呈伪社会局暨伪南京市长呈文，1940年12月26日，南京市档案馆藏，档案号1002—2—1027）
此件呈文中，已说明该堂曾雇工10余人收尸，但究竟收埋了多少具尸体？呈文中并未说明。不过，在同一天，堂长陈家伟填报的表格中，清楚写明，“廿七年春，掩埋七百余具”。（《救济疾病殇亡处所调查表》，1940年12月26日，南京市档案馆藏，档案号1002—2—1027）在南京大屠杀期间，收埋700具尸体，数量并不算多，与红字会、崇善堂、红十字会等单位相比，几乎可以忽略不计。但明德慈善堂，却因收埋此700具尸体之数，而成为参与埋尸的又一个新发现的慈善机构。它参与的意义比收埋数量的意义更大。
综上所述，在南京大屠杀期间，共有8家慈善机构参加收埋遇难同胞尸体工作，计收埋尸体19.8万余具。以往论著、资料集中，只提到世界红卍字会南分会、崇善堂、中国红十字会南京分会和同善堂4家，合计埋尸18.5万余具；本文根据新发现的档案资料，又增加了世界红卍字会八卦洲分会、代葬局、顺安善堂和明德慈善堂4家，计增加收埋尸体数1.3万余具。4家新的埋尸慈善机构的发现，其意义决不仅仅是埋尸数量的增加，主要在于进一步向人们揭示了，当年为收埋尸体所动员的各方面社会力量之多，从而为侵华日军南京大屠杀暴行提供了更加充分、有力的证据。
1937年12月，日军攻陷南京中华门
第二条渠道：市民群体共收埋尸体4.2万余具
活跃在南京城乡的掩埋队，除由各慈善机构组织者外，尚有由市民群体自发组织起来的临时掩埋队，其中较大者有城西、城南、回民与北家边4支。
城西市民掩埋队，由旅居上新河之湖南木商盛世征、昌开运二人为首组织。盛世征，男，47岁，籍贯湖南；昌开运，男，53岁，籍贯湖南。他们从家乡湖南来到南京西郊上新河从事木材生意，已经历有年所，因家务、财产尽在，为财产计，在南京沦陷前后，没有离开。在日军的屠刀下，上新河一带，“尸横遍野，人血染地，凄惨万状”。盛、昌等从尸丛中躲出，组织掩埋队，共埋尸28730具。此后，已居住在钓鱼台91号的盛世征、昌开运等人，于1946年1月9日，“为日寇残害我国军民二万八千七百三十人于上新河附近，被俘毙命由”，呈文南京市抗战损失调查委员会，内称：
民等被拉扛掳物，心惊胆跳，可怜死者抛尸露骨，民等不忍，助款雇工收尸掩埋。每具尸体以法币四角，共费法币一万余元，此系安慰死者瞭［聊］表衷心。（盛世征等关于助款雇工掩埋尸体致南京市抗战损失调查委员会呈文，1946年1月9日，南京市档案馆藏，档案号1024—1—35126）
事实非常清楚，盛、昌二人，由于出钱雇工收尸，对于所费金额、所埋尸体数字，当然有精确的了解。红卍字会虽也在上新河地区多次收埋尸体，但其经费来自募集、国际委员会资助和向伪政权申请补贴，而盛、昌二人之收尸费用则全部由个人支付，二者泾渭分明，不可能互相混淆。战后盛、昌二人与红字会，同时向当局呈递了关于收埋尸体的报告，如乃为一体，则盛、昌二人之举，不仅会遭红卍字会之非议，且亦将为当局驳回无疑。值得关注的是，前述慈善机构收埋尸体活动中，涉及水西门外上新河一带者，共有崇善堂二队于1938年4月9日至22日收埋之18788具尸体，红卍字会南京分会从1月1日至5月18日间共17次掩埋之9461具尸体，总计为28249具尸体。这一数字，奇迹般地与盛、昌二人主持掩埋之28730具尸体相似。这两者之间，会不会是同一件收埋活动？从各自的组织系统、历史背景、收尸计数等情况来看，不可能成立。现在没有任何资料可以证明盛、昌二人参加了红卍字会或崇善堂的收尸活动，更不能设想，盛、昌二人在同一时间，既是崇字掩埋队的成员，又是红卍字会掩埋队的成员。
城南市民掩埋队，由市民芮芳缘、张鸿儒、杨广才为首组织。芮芳缘，男，38岁，南京人，花匠，住高辇柏村14号；张鸿儒，男，36岁，南京人，农民，住雨花台32号；杨广才，男，35岁，南京人，商人，住雨花路102号。他们因见南门外尸横遍野，惨不忍睹，遂组织义务掩埋队，取得红卍字旗帜与符号，自1938年1月7日起，至2月中下旬止，共工作40余日，埋尸7000余具。芮、张、杨三人于1945年12月8日具结，陈述了组织掩埋队及其活动的经过：
民国二十六年十一月十三日，日寇中岛部队入城后，民等由沙洲圩避难回归，眼见沿途尸横遍野，惨不忍睹，乃于初四日由芮芳缘至中国红卍字会接洽，拟办理掩埋工作。当由红字会负责人介绍至第一区公所救济组领得红卍字旗帜及符号等件，后即集合避难归来之热心人士三十余人，组织义务掩埋队，于初六日开始掩埋工作。由南门外附廓至花神庙一带，经四十余日积极工作，计掩埋难民尸体约五千余具，又在兵工厂内宿舍二楼、三楼上经掩埋国军兵士尸体约二千余具，分别埋葬雨花台山下及望江矶、花神庙等处，现有骨堆可证。所有难民尸体均系在各街巷及防空壕等处而来，姓名固无从获悉。（市民芮芳缘、张鸿儒、杨广才关于义务掩埋被难军民尸体的结文，1945年12月8日，南京市档案馆藏，档案号1024—1—35126）
该结文虽成于抗战胜利后，但文中将“世界红卍字会南京分会”竟称为“中国红卍字会”，这一名称上的错误，恰恰证明了结文确由该城郊市民具结，无丝毫由政府包办、修饰的痕迹。具结者只记得“红卍字会”一名，弄不清前冠“世界”或“中国”之名义，这应在情理之中。芮芳缘等人于结文中曾提及使用红卍字会旗帜、符号，而城南一带又是红卍字会埋尸的主要场所之一，当需弄清，芮芳缘等人收埋的7000余具军民尸体，与红卍字会的统计是否重复。芮氏等人的结文中称，他们的收尸工作系自农历十二月初六日，即公历1938年1月7日开始，“经四十余日”结束，姑以50日计算，应截止2月25日。而在红卍字会提供的埋尸明细表中，1月7日至2月25日期间，其主要埋尸地点系在下关与水西门外，涉及到中华门外地区的，一共只有两起，计埋尸体537具。显然，这两支掩埋队是各自独立活动和计数的。退一步说，即使这两支掩埋队在收尸计数上发生了重复，扣除这537具的数字，对于红卍字会埋尸4.3万余具和芮芳缘等人埋尸7000余具之成立，均没有太大的影响。
回民掩埋队，组织于1938年2月前后，由鸡鹅巷清真寺的以玛目王寿仁等负责，主要成员有阿訇张子惠、沈德成、麻子和、沈锡恩等人，队址设在豆菜桥28号。回民掩埋队以收埋回民尸体为主，持有“南京回教公会掩埋队”和“南京市红卍字会掩埋队”两面旗帜，以减少麻烦，主要在五台山、东瓜市、峨嵋岭一带埋葬。前后共活动3个多月，收埋尸体400具左右。
阿訇沈锡恩回忆说：
一九三八年农历正月，许多回民受害者的亲属一起来请求我和马长发、王寿仁、戈长发、麻子和、张子惠，还有我父亲沈德成等几个回民阿訇出来收埋尸体，我去找当时维持会的负责人孙淑荣（回族）帮忙，并自己作了臂章作为身份证明，组成了回民掩埋队，开始收埋回民尸体……我们一直工作了三个多月，天天都有人来找我们去收尸，少时一天二三具，多时七八具，一般都是四五具，有时照应不过来，就分成两个组。最初是埋一具登记一次，以后无法再逐个登记，收埋的总数不下四百具，而且都是鸡鹅巷清真寺周围被杀的回族人。（《沈锡恩证言》，“南京大屠杀”史料编辑委员会等编《侵华日军南京大屠杀史料》，江苏古籍出版社1987年版，第476页）
关于回民掩埋队在恐怖、艰苦的情况下，坚持按回民习俗埋葬教胞的具体情况，杨为仁先生在认真调查、采访的基础上，写出专题报告说：
难民区内设有清真寺，阿訇们沐浴、小净、礼拜（这是伊斯兰教每日的功课），都在豆菜桥二十八号勉强进行。而冲洗亡人的条件更加困难。由于亡人都已露尸一、二月之久，不少已腐烂发臭，这就更需要冲洗干净。根据当时的条件，阿訇们只能将亡人置于“讨破”（盛亡人的木制盒子）盒盖上露天冲洗。用水从坟地附近的池塘中提取。亡人用的穿布（裹穿于亡人身上的白布），是从难民区集市上购买的白布被里子。老阿訇们和坟山工人在北风呼啸的荒山中，提心吊胆地掩埋着被敌人杀害的同胞尸体，心情十分悲恻！有时打坑发现坑内已有尸骨，当时出于无奈，只得将尸骨靠边推移，匀出穴位安葬新亡人。（杨为仁：《忆南京沦陷时的回教掩埋队——记侵华日军在大屠杀中对回民的暴行片断》，南京市政协文史资料研究委员会编《史料选辑》，代第4辑，1983年内部版）
回民掩埋队收埋的尸体数量虽然有限，但仅在五台山周围地区，即收埋回民尸体400具，可见当时全城各族同胞被屠杀及收埋尸体的规模之大。
另一支活跃在东北郊区北家边的村民掩埋队，以当年日军制造的北家边“万人坑”惟一的幸存者严兆江为首。北家边位于太平门外尧化门附近的乌龙村。日军曾在这里一次屠杀了6000名军民，然后将尸体推入两个上千平方米的大水塘中。严兆江说：
当初，我和20多位乡亲在塘里捞死尸埋，捞了半个多月，足足有6000多具尸体在这两口塘里。那时，我们是等日军走后，村民们自发组织起来的，带上木棍、布条做的简易用具，去塘里收尸。先收有头有身子的整尸，后收光有身子的无头尸，最后用网捞头、胳膊、腿的分尸。有一次，我用网捞，一下子就捞上来7个人头。这些尸体全埋在乌龙山、黄毛山和“万人坑”附近了。（梁其强：《北家边有冤魂六千》，载江苏省政协文史资料委员会等编《腥风血雨——侵华日军暴行录》，1995年印，第127页）
北家边的村民掩埋队，活动地域在南京城东北郊尧化门外、乌龙山一带，与红卍字会、红十字会、崇善堂等几个较大的掩埋队，在活动地域上并不交叉。因此，他们收埋尸体的数字，应计入市民自行收埋尸体的总数之中。
在现存的档案资料中，还有许多反映市民自行收埋尸体的案例。例如：市民胡春庭联合难民收埋了300余具同胞的尸体。他在一份结文中写道：“于民国二十六年十一月十六日（按指1937年12月18日）亲见日本军人将我国军人及难民等约三百余名，集合在南通路之北麦地内，用机枪射杀，无一生还，将死尸抛弃麦地内。余联合有力难民，就地屈［掘］土埋葬。后有日本人挑土填垫海运［军］码头，致将所埋尸骨痕迹毁灭无余。”（市民胡春庭结文，1945年12月1日，中国第二历史档案馆藏，档案号五九三—22）证人刘德才亲手将被日军烧死的难民近50人，埋葬于荒山。
国际红十字会南京委员会主席马吉牧师在一封信函中说：“还有一些尸体是由亲友自行掩埋。例如城门以外约1英里处，我们教会公墓的守墓人告诉我，在城外被杀的2000至3000平民，是由当地老百姓自行掩埋的。”（章开沅编译《天理难容——美国传教士眼中的南京大屠杀（1937—1938）》，南京大学出版社1999年版，第220—221页）战后在搜集日军屠杀罪证的过程中，现据不完全统计，共有姓名、住址、职业等详细记录的市民自行收埋亲友尸体案例，即有119例。其中，仅第十一区（即中华门外安德门区）之第36、37、38三保中，即有程玉书、吴启福、韩德有、姜寿贞、姜大平、姜大荣、尹荣源、周永兴、尹大章、尹徐氏、徐品贵、徐胡氏、周业氏、贺长发、尹广生、尹广江、吴马氏、赵桂启、郑富生、娄广宝、郑韩氏等21名被屠杀者的尸体，系由亲友自行零星收埋。由此可见，除了有组织、有记录的市民集体收埋活动之外，个别、零星的收埋，面广量大，其数字亦不可小视。
上述资料说明，发生在农村的屠杀留下的尸体，由于农民们以村落为单位，互相照应，不管死者有无亲人，其尸体一般都会被亲友、邻居收埋；同时，农村到处都是沟、塘、荒山，收埋尸体也比较方便，不似城市收埋，要动用运输工具，且要长途搬运。农村尸体的收埋，一般都是分散、零星的，没有统一的记录与统计。南京四郊地域广阔，日军在这里犯有大量屠杀暴行，因而对这类没有经过统计，而实际大量存在的埋尸活动，应予以充分的关注。
综计上述，即使不计算大量存在的市民个别、零星之收埋数字，市民群体自行收埋尸体，仍有城西盛世征等收埋28730具、城南芮芳缘等收埋7000余具、回民王寿仁等收埋400余具、北家边严兆江等收埋6000余具，合计4.2万余具。
1937年攻陷南京后，日本侵略者活埋俘虏
第三条渠道：伪证权共收埋尸体1.6万余具
为卫生和市容计，南京区、市两级伪政权，也努力组织伕役，收埋尸体。据现在可查得的资料，其所掩埋尸体共达1.6万余具。
在城郊各地遍陈尸体的情况下，南京市各伪区公所都受命组织员工掩埋尸体。可惜这类档案，多为日军销毁，或经战乱损失，现在还查不到各区掩埋尸体的完整数字，而只有伪第一区、第二区、第三区和下关区的部分工作报告。
日伪统治时期的第一区，位于南京城东南部。在其向伪南京市自治委员会的一份工作报告中，称该区于1938年2月，“派员率带伕役掩埋路途尸体，以其减少疫疠”，“本月分掩埋尸体计一千二百三十三具”。（伪南京市自治委员会第一区区公所1938年2月份工作报告，南京市档案馆藏，档案号1002—19—11）
伪第一区的埋尸数字，在时间与地域上同前述芮芳缘等人的埋尸活动交叉。该区位于城南，其埋尸时间在1938年2月；而芮芳缘等人收埋尸体亦在城南中华门一带，时间自1938年1月5日至2月中下旬，并曾至伪第一区公所救济组“领取红卍字旗帜及符号等件”。但是，由于凡列入各伪区公所收尸数字者，必由该区出面组织，而非由私人牵头承办手续、组织难民。芮氏等人既为主动申请、义务掩埋，当不属该工作之一部分。且芮氏等人于一二月间的40余日中总共埋尸7000余具，其展入2月的时间约20天左右，如伪第一区将芮氏埋尸数字列入2月份工作成绩，则加上2月20号以后的日子，其该月埋尸数当不至少至1200余具。
伪第二区位于南京城西南部。在1938年1月28日该区的一份工作报告中，写有“函请崇善堂掩埋本区境内遗尸9具”的内容；（伪南京市自治委员会第二区区公所工作报告，1938年1月28日，南京市档案馆藏，档案号1002—19—12）在其1938年2月份的工作报告中写有：“掩埋尸体：先后查得评事街等处，尚有遗尸十八具，暴露未埋，即经随时备函，通知崇善堂掩埋，以维人道，而重卫生。”（伪南京市自治委员会第二区区公所1938年2月份工作报告，南京市档案馆藏，档案号1002—19—12）
伪第三区位于南京城东北部。在该区1938年一、二月份的工作日报表中载有：
［2月11日］请崇善堂掩埋湖南路一二五号尸体。
［2月12日］请崇善堂掩埋大石桥小学对面沟池内尸体。
［2月14日］请崇善堂掩埋珠江路珍园浴堂内尸体。
［2月18日］呈请警察厅饬伕掩埋百子亭等处死尸三具、太平桥河内浮尸二具。
［2月20日］呈请警察厅饬伕掩埋南仓巷等处尸体。
［2月24日］呈请警察厅请埋杨将军巷等处尸体。
［2月26日］呈请警察厅掩埋杨将军巷等收容所防空壕内尸体。
［2月28日］一、呈警察厅请埋上乘庵尸体。二、呈警察厅请埋塘［糖］坊桥尸体。
该区二月份报告写有：
五、关于其他事项
2.函请红卍字会掩埋尸体。
5.函请崇善堂掩埋湖南路一二五号内尸体。
7.函警察厅促令卫生科迅将成贤桥等处薄棺三具从事埋葬。
10.呈请警察厅饬伕掩埋百子亭等处死尸三具、太平桥河内浮尸二具。
11.呈请警察厅埋杨将军巷等处尸体。
13.呈请警察厅掩埋杨将军巷收容所防空壕内尸体。
15.呈警察厅请埋上乘庵尸体。
16.呈警察厅请埋塘坊桥尸体。
17.请崇善堂掩埋珠江路珍园浴堂内尸体。
下关地区，是日军进行南京大屠杀中的重要屠场。该伪区公所区长刘连祥在向伪南京市自治委员会呈报“各组长工作之前后经过情形”的报告中，叙述了该区宣传组长郑宝和、救济组长王科第和户籍组长毕正清得日军允许，先后率领伕役百余名，于1937年12月下半月，在下关、三汊河一带掩埋尸体3200余具的过程。该报告称：自1937年12月15日起，郑宝和即与市民沈桂森、妙净和尚开始在下关一带掩埋被害军民尸体。16日，由日军官指定郑宝和、王科第、毕正清（当日未出工）三人为代表，将所率84名难民编队，“到碇泊场司令部，会见南出先生，蒙司令准发给良民符号八十四张，即开始分班工作。计由中山码头沿江边清扫及将尸体掩埋。是日约埋三四十具。至下午五时，蒙南出先生发给米盐油菜等，即令分别返回住所。次日毕正清同来，而工作如前，至二十五日止。二十六日，因搬运三汊河内及各防空屋内之尸体，尚有四百余具须要掩埋清扫，故是日未到下关。二十七日，仍率难民百余名，复蒙南出先生补发符号二十张。如此每天均到下关，认真努力清扫工作……经手掩埋尸体约三千二百四十具。”（伪下关区长刘连祥呈伪南京市自治委员会报告，1938年1月30日，南京市档案馆藏，档案号1002—19—15）
下关是日军集体屠杀南京军民的主要地区，当然也是各支掩埋队收埋尸体的重要地点。因此，有必要探讨伪下关区的收埋活动与其几支主要掩埋队之间的关系。
红卍字会曾在下关沿江及三汊河一带，收埋了数以万计的尸体。但是，该会的早期收埋活动，主要集中于中华门、水西门外，其第一次在下关地区收尸的时间是2月12日，故不至与伪下关区12月份的收尸活动相重复。
崇善堂在1937年12月的掩埋工作，涉及到下关、三汊河地域者，仅第二队于此收埋了392具尸体。此数字与三千之数悬殊颇大；且崇字掩埋队有自己的旗帜、服式，与伪下关区掩埋队持日军司令官颁发的“良民符号”工作，迥然不同。
红十字会的主要收埋地域即为下关地区。该会掩埋第二队的“按月统计”中称：“本队在民国二十七年一月六日以前，已在下关一带掩埋军民尸体三千二百四十五具。”（《中国红十字会南京分会掩埋队第二队按月统计表》，1938年1-5月，南京市档案馆藏，档案号1002—2—1024）其所述时间、地点与伪下关区掩埋队大致相近，而其收埋数字，则更与伪下关区掩埋队之3240具惊人相似。这两者之间，是否可能重复？仔细研究该二掩埋队的活动情况，即可发现，重复是不可能的：第一，两个掩埋队处理3240具左右尸体的起迄时间不一。红十字会二队起于12月24日，止于1月6日；伪下关区队则始于12月15日，迄期约在月底。第二，是否正式得日军许可不一。红十字会二队注明在掩埋该3245具尸体时，“尚未得日军正式许可”，且因此这一数字“未列入统计表”；而伪下关区队则从12月16日起，即得日军碇泊场司令部的批准，先领“良民符号”84张，后又补领20张，并接收日军官南出所发之米、盐、油、菜等。第三，埋尸数字仍有矛盾。若伪下关区队与红十字会掩埋二队的活动，竟为一体，则伪区长刘连祥在1月30日报告“一月份工作之前后经过情形”时，亦应将1月30日以前的埋尸数字汇集进去。查红十字会二队自1月6日至30日，累计埋尸2138具。故刘报告的1月前后埋尸数，应多达5378具（3240具+2138具），而不应只是3240具。
由此可见，伪下关区收埋尸体3240具，应单独成立。这是没有疑问的。
仅以上四区，埋尸数字已达4512具，可以肯定，这仅是各区埋尸统计之“冰山一角”，因为统计十分零散。即使是有较多埋尸记录的第一区、下关区，也仅分别统计了其1938年2月和1937年12月的埋尸数字。既然一个区在一个月中，能埋尸多达1000余具或3000余具，则其他各区、各月处在相同的日军暴行环境之中，亦必有相当数字。在伪南京市自治委员会统治期间，南京市领有城内一、二、三、四、下关五区；伪维新政府成立后，伪督办南京市政公署统治期间，南京市领有城内五区及城外孝陵卫、上新河、燕子矶三区，短时期还辖有江宁县的七个乡镇。如上述各区统计资料完整，其埋尸数字当大大高于目前已统计之4500余具。
1938年秋冬至1939年初，由伪南京市政公署督办高冠吾经办，在中山门外灵谷寺至马群一带，收埋遗骸3000余具。
高冠吾于1938年10月就任伪南京市政公署督办。此时虽已距南京失陷10个月之久，但其仍于城边草丛、山巅、水旁屡见被日军残杀之遗骸，遂共收埋26具。后又经村民报告，在中山门外灵谷寺至马群一带，有遗骨3000余具，遂复令卫生局派掩埋队前往埋葬，计工作40余日，开支909元，于灵谷寺东以青砖砌成扁圆形坟墓一座，外粉水泥，坚固而壮丽。高冠吾派员于1939年5月28日前往致祭，并亲立“无主孤魂之碑”一方，其碑文云：
越二月（按指1938年12月），村民来告茆山、马群、马鞍、灵谷寺诸地遗尸尤多，乞尽瘗之，乃下其事于卫生局，选夫治具悉收残骨得三千余具，葬于灵谷寺之东，深埋以远狐兔，厚封以识其处。立无主孤魂之碑，且使执事夏元芝以豚蹄只鸡酒饭奠之，俾妥幽魂。
此项3000余具尸骸收集于中山门外灵谷寺、马群一带。查崇善堂的第三掩埋队在1938年4月9日至5月1日间，曾于这一带收埋了33828具尸体，“无主孤魂”墓中的3000余具尸体，会不会是对崇善堂埋尸的再掩埋？这是不可能的。因为崇善堂收埋时间在1938年四五月间，而高氏派员收埋，则是同年12月以后的事，不致相混。再者，伪卫生局有关掩埋尸体的报告中，并未提及此项遗尸曾经有关慈善团体掩埋过；而伪卫生局的同一份《报告书》中，在提及草鞋峡之3000余具暴露尸体时，就清楚说明，此“纯系事变后由红万字会所掩埋之尸体，一年来任江水冲刷及莠民刨掘，完全暴露”。（《南京特别市政府卫生局五月份事业报告书》，1939年6月，南京市档案馆藏，档案号1002—6—130）据此，对是项3000余具尸体，尚不能轻率地视作重复掩埋，而不加以统计。
近年发现的一份由日本南京特务机关调制之掩埋队工作统计表，较为完整地揭示了，从伪南京市自治委员会到伪南京特别市政府卫生机构，直接掩埋的尸体数字。（《南京市政概况》，1942年4月，孙宅巍编《南京大屠杀史料集》第5册《遇难者的尸体掩埋》，江苏人民出版社2005年版，第338页）在其各项统计内容中，就研究南京大屠杀尸体掩埋来说，以1938年1-12月对尸体、尸骨的掩埋为最有实际意义。即在1938年中，经由伪南京市卫生机构，共掩埋男尸8966具、女尸146具、孩尸205具、尸骨24具，合计9341具。其1939年与1940年所收埋尸体，已很难证明属日军南京大屠杀所产生的尸体；其收埋之尸骨，恐亦多属对前已埋葬尸体之重复收殓。
综计伪政权埋尸一项，计有各区收尸4512具，伪南京市政公署督办高冠吾主持收埋尸骨3000余具，伪南京市卫生机构掩埋队收尸9341具，合计16853具（内含约数相加）。
1937年攻陷南京后，日本侵略者用刺刀杀害俘虏
第四条渠道：日军动用部队毁尸灭迹约数万具
日本侵略军为了掩盖血腥屠杀的罪证，除了支持慈善团体和雇用当地难民掩埋尸体外，还动用部队，专门从事焚尸灭迹的工作。他们将尸体大量地、布置周密地抛入长江中，或运往指定地点加以焚埋。
日军战俘太田寿男的供词，揭开了日军在南京大量焚尸灭迹的内幕。
太田寿男，1896年生，日本爱媛县松山市人。日军攻陷上海后，太田服务于第二碇泊场司令部，任少佐部员，驻江苏常熟，负责输送攻击南京的部队，及弹药、粮秣。南京失陷后，第二碇泊场司令部移驻南京下关码头附近，又称南京碇泊场司令部。该司令部隶属于华中碇泊场司令部，司令官为铃木义三郎中佐。太田于1937年12月15日由常熟附近的浒浦镇来到南京，并奉命在16至18日间，与安达少佐各率400名运输兵，专门进行输送和处理尸体。经太田寿男直接处理的尸体有1.9万具；经安达少佐处处理的尸体有8.1万具；估计由其他部队投江的尸体有5万具。
太田寿男后来晋升中佐，于1945年8月在东北被苏军逮捕，1954年受审于抚顺战犯管理所，太田的供词称：
关于焚尸灭迹的数字，12月14、15日，由安达少佐处理，“由码头及稍下流而投入扬子江的数，约有3.5万，运搬到烧毁及埋没地点的数约有3万，计6.5万（包括内有重伤濒死者有1500名）”，“不但在白天进行，为了迅速处理，就是在夜间也进行了。”12月15日傍晚，太田少佐到达南京，“16日、17日、18日三天把下关地区分为东西两个地区进行”，“安达少佐担当的地区是东部，投入扬子江数字约有1.5万名（包括重伤濒死者约250名）”；“太田少佐担任地区是西部，投入扬子江的数字，约1.9万名（包括重伤濒死者约350名）”。“以上全部的总数（在5天期间碇泊场司令部所处理的数），往烧毁、埋没地点所运的数约3万，投入扬子江的数约7万。计约10万名（内有负重伤濒死者约2100名）。”“在南京事件所处理的尸体总数，南京碇泊场所担任的数约10万，进攻南京的部队所处理的数约5万，计15万。”
关于人员和器材。“配备小船约30只（一只船能装尸体50具）；配备陆上输送队约800名（碇泊场司令部到南京的同时，由第十一军【按：此处第11军似为第10军之误，因第11军迟至1938年7月方组建】配备的）；货物汽车约10辆（距离码头较远的尸体，使用汽车运输，每辆汽车能装约50名）。”
关于处理方法。“大部分是由下关码头及其稍下流投入扬子江；一部分约在浦口东方烧掉与埋没（主要是用汽油烧，埋葬地点是利用洼地、土窟等）。南京市内的尸体是由占领军部队用货物汽车运搬到扬子江岸，直接由码头上流附近向扬子江投入。”“有一部分是由船运到江里若干距离投下去的。”（《太田寿男笔供》，1954年，中央档案馆等合编《日本帝国主义侵华档案资料选编》第12辑《南京大屠杀，中华书局1995年版，第855—865页）
1990年日本《每日新闻》报道了太田1954年口供的内容，称“这些军人毁掉了十万具尸体，另一支部队销毁了五万具尸体。”这家报纸还说，它得到了一部有44页的关于南京大屠杀后销毁尸体的影集。
太田寿男是执行毁尸任务的负责人，他所提供的资料，当然十分珍贵，这个资料，作为对中国方面有关记录的补充，有重要的参考价值。但是，考虑到太田提供这一资料是在南京大屠杀发生16年之后，时间已经较长，况其中有相当大数量尸体的处理，非其亲身所为，其数字不可能十分准确。同时，焚烧与投江，都不可能将所有尸体彻底毁灭，其中必有一个相当的数量残留下来，或为焦骸，或为江中浮尸，重新被各掩埋队收集、埋葬。据统计，红卍字会有22起共15056具尸体在下关沿江边一带收埋；红十字会有16075具尸体在下关一带收埋，伪下关区有2840具尸体在下关一带收埋。这些单位在下关地区收埋的尸体数，与太田寿男所供日军焚尸灭迹数之间，免不了要有一定的重复交叉。
对于上述太田供词的内容，近年来学术界发现的一些新的资料，对此形成挑战，使得对这一内容的认定，呈现复杂化的趋势。
关于日军部队直接或利用中国人埋尸及毁尸灭迹的资料，多不胜数。
在某些被杀害人数不是太多的情况下，日军有时将尸体就地草草掩埋。原日军第16师团步兵第20联队上等兵增田六助保存的一份《陈中日志》中，内载：“一、根据西作命第一七○号，从午前10时实施扫荡区域的扫荡，枪杀并埋葬328名‘败残兵’。”（［日］下里正树：《被隐瞒的联队史——20联队下级士兵看到的南京事件真相》，日本青木书店1987年版，第49页，原件影印）原日军第16师团步兵第38联队上等兵炮手东口义一，曾供述了将10名中国军人杀害并就地掩埋的情况。他写道：
按“大队日日命令”在步兵炮小队长的命令下，我——第二分队炮手上等兵指挥某一等兵，按大队本部中西军曹的指示，我以下9名在挖掘深1.5米、宽1.2米、长2.0米的埋尸坑时，联队本部教育系某助手及5名士兵将用麻绳绑着的抗日军押送到现场。我将一名抗日军的眼睛蒙起来，并使之坐在坑前。增田大尉举着自己的军刀说：“就这样砍”，在10名见习士官面前，把他斩首了。其他9名抗日军则被见习士官分别斩首。当时，我和其他9名在10米外的位置担任周围警戒，直接帮助他们砍头，把尸体埋在坑中。（东口义一笔供，1954年8月21日，中央档案馆等编《日本帝国主义侵华档案资料选编》第12辑《南京大屠杀》，中华书局1995年版，第886—887页）
原日军第16师团步兵第33联队士兵下村宇一郎曾参加在太平门附近掩埋大批尸体的行动。他说：
尸体最多的大概要数太平门附近了。太平门前有敌人的壕沟，壕沟里埋了大量尸体。那时是早上，有的“尸体”还在抽动。可以想象敌人在那里抗击日军的情形。
我们挖了壕沟，把土盖在尸体上面埋了。我们的车辆部队在那上面通过。只有车辆通过的地方才盖上土，其他地方还是老样子留着，所以可以看到尸体。在不长草的山背处，尸体就埋在那儿，还可以看到脚露在外面。尸体当然是中国人的，日本人的早已全部挖出来，火葬后成遗骨。
壕沟大致是宽2.5—3米左右，长度就不知道了。深度大概是一个人高，2米左右吧。那样的沟挖了多少完全不清楚。
埋的人数有多少？根本没有注意在那里埋了多少人。我们已经很疲劳了，摇摇晃晃的。听说那时光6中队就杀了大批的人。（［日］松冈环编著、新内如等译《南京战·寻找被封闭的记忆》，上海辞书出版社2002年版，第153—154页）
日军有时还在屠杀时，利用被杀者先挖坑，然后把人杀死，就地埋在自己挖好的坑里。市民陈福宝在远东国际军事法庭作证时陈述了自己的亲身经历：
当南京屠城时，我只是十三四岁的玩童，日本军队满街在捉壮丁，搜到了我，便把我和其他的所谓壮丁绑在一起，结果我们被拉到城外的一块广场上，我和我的同伴，一共三十九个人，日本人连续杀了卅六个人，结果留了三个没杀，却罚我们用铁锹挖洞［坑］，埋葬那死了的卅六个尸首，于是我一锹锹的挖，但是一个满脸胡子的“皇军”，嫌我力气小，挖得太慢，把我身子一抬就掼在地上，我被掼得吐了好几口鲜血，半死半活的躺在地上。日本人又把那二个挖洞的杀了，留下了我便扬长走了，我等到夜深人静才偷偷的离开广场。（《南京市民陈福宝在远东国际军事法庭陈述日军在南京市内屠杀市民情形》，中央档案馆等编《日本帝国主义侵华档案资料选编》第12辑《南京大屠杀》，中华书局1995年版，第844页）
日本部队对被屠杀者尸体的处理，大量的还是采用毁尸灭迹的办法，或焚烧、或抛尸入江、或先焚烧再抛尸入江。
对于数量较大的集体屠杀，日军为求既将濒临死亡的重伤者全部杀死，同时又将尸体处理干净，便采取了先焚烧、继之以抛尸入江的做法。中国审判战犯军事法庭判定：日军在草鞋峡江边，将5.7万余军民，“用机枪悉予扫射后，复用刺刀乱戳，最后浇以煤油，纵火焚烧，残余骸骨悉投于江中”。（中国审判战犯军事法庭《谷寿夫战犯案判决书》附件，中国第二历史档案馆藏，档案号五九三—870）日本记者本多胜一采访了一名化名“田中”的原日军士兵。田中详细叙述了12月18日、19日两天屠杀、焚烧和抛尸入江的血腥场面：
尸体堆积得很厚，要在黑暗中扒开尸体堆，确认上万具尸体中是否还有活着的，是一项繁重的工作。于是，想到的办法就是火烧。尸体都穿着厚厚的冬棉装，因此着起火来不容易熄灭，并且可以照亮夜空，给作业带来了方便。衣服一着火，不管怎么装死的都会动起来。
我们在尸体山的处点起了火。火光中仔细看，可以发现，原来以为是死了的却还活着，他不能忍受灼烤正偷偷地用手想把火弄灭。只要看到有动弹的，我们就立即用刺刀捅他死。在烟熏火燎中，扒开堆积的尸体，没完没了地继续着用刺刀处理的最后作业，弄得鞋和绑腿上都糊满了黏糊糊的人的油脂和鲜血。
……
通宵达旦的“作战”行动后，第二天每人已是浑身腥臭，粘满尸骨燃烧的灰尘，一个个显得狼狈不堪。当早晨回到驻地时，身心疲惫，头脑昏沉，毫无表情。那天（18日），我睡得像死猪一样。
为清理尸体，这一天又派来另外一支山部队支援我们。此阶段的工作，使用了汽油，以将尸体全部焚烧。如果把带有枪伤和刀伤的尸体直接扔到江里冲走的话，会留下一些痕迹。焚烧的目的就是为了尽可能地消痕迹，然后扔进江里冲走。但是，没有足够的燃料使如此多的尸体燃烧得像火葬一样只剩下骨头。把这些尸体扔到江里的工作，也是相当繁重的，18日一天不可能完成。我们用带钩的粗柳树枝，将尸体拖拉到江里。此工作一直持续到19日中午才结束。（［日］本多胜一著，刘春明等译《南京大屠杀始末采访录》，北岳文艺出版社1997年版，第373—374页）
美国《时代周刊》也曾披露了日军在对1万名左右中国男子进行屠杀后，抛尸入江和焚烧的做法。报道说：“一名十七岁的（中国）男孩来医院，他说有一万名十五到三十岁的中国男子于（一月）十四日被押出城到轮渡旁的江岸上。在那儿，日军用野战炮、手榴弹、机关枪向他们开火。大多数尸体被推入长江，有的尸体被高高架起焚烧，只有三个人逃了出来。男孩推测，一万人中，大约有六千是军人，四千为平民。他的胸脯中了一弹，伤势不重。”（［美］《时代周刊》1938年4月18日。转引自陆束屏汇辑编译《南京大屠杀——英美人士的目击报道》，红旗出版社1999年版，第149页）
焚尸灭迹的做法，在日军南京大屠杀中，极为常见，特别是在数量较大的集体屠杀中。中国审判战犯军事法庭判定：
民国二十六年十二月二十五日下午一时，在司法院难民所内，将着制服长警一百余名，改装者三百余名，另有军民一千余名，总共二千余名，排成四队，用机枪十二架，及步枪押送至汉中门外，分别捆扎，用机枪扫射，其已死及受伤者，复用木柴、汽油焚烧。（中国审判战犯军事法庭《谷寿夫战犯案判决书》附件，中国第二历史档案馆藏，档案号五九三—870）
南京守军营长郭歧，曾经亲自访问过这次汉中门集体屠杀中的幸存者伍长德，事后在《陷都血泪录》中写道：“有个警察，他是被捉到水［汉］西门将要惨杀而幸免于难的。大概这一次共有三千余人，一字儿站在空地上，后面用机关枪扫射，他未等子弹到来，即先趴倒装死，兽兵惨杀之后，为消灭痕迹起见，用汽油焚尸，分成几十堆，他被压在一个堆的下面，等到火着之后兽兵离开，他乃由火烧尸堆中爬出来，这是我亲自问过他的。”（郭歧：《陷都血泪录》，“南京大屠杀”史料编辑委员会等编《侵华日军南京大屠杀史料》，江苏古籍出版社1987年版，第5页）
原日军第16师团第20联队第3机枪中队伍长牧原在《阵中日记》中，也记录了在汉中门外大批尸体被焚烧的情景。他在1937年12月27日的日记中写道：“午前8时出发去‘征发’蔬菜，通过汉中门，向长江边前进。在汉中门外的一个地方，五六百中国军人的尸体，被烧得焦黑，重重叠叠堆积着。”（《南京大屠杀图证》编纂委员会编《东史郎诉讼案与南京大屠杀真相》，人民出版社1998年版，第152—153页）
市民王恒山则在救助了一位从焚尸现场逃出的中国士兵后，了解到日军在汉中门外二道埂子殷德标宅中，将100余名被屠杀者予以焚烧的暴行。他说：“（12月）十五日晚九时，敌人口令一下，一群鬼子以刺刀乱戳，刺杀后再用煤油浇在尸体上发火焚烧。”结果有96人被杀死，并被焚尸，仅有7人受伤逃出未死。（《南京临时参议会致内政部函》1946年11月2日，中央档案馆等编《日本帝国主义侵华档案资料选编》第12辑《南京大屠杀》，中华书局1995年版，第384页）
安全区国际委员会秘书斯迈思在一封致家人的信函中，叙述了日军将140名难民屠杀后加以焚烧的恐怖做法。他写道：“今天另有一人跑回来，他的脸全部烧坏了，很可能眼睛被烧瞎了。他报告说他们140个人被绑在一起，浇上汽油、点火焚烧！太恐怖了！他和前面那个人是否同一组，我们不得而知。被枪毙的那组据说是先浇上汽油再点燃尸体。死里逃生的那个人被压在下面，最后得以跑走……”（章开沅编译《天理难容——美国传教士眼中的南京大屠杀（1937-1938）》，南京大学出版社1999年版，第300页）
还有许多日本方面的资料，都形象地记录了日军焚尸灭迹的现场景况。原日军士兵井家又一在日记中，记述了1937年12月22日，在古林寺附近将161名中国人屠杀后加以焚烧的情景。他写道：“黑暗中鼓着劲刺杀，刺逃跑的家伙，啪啪地用枪打，一时这里成了地狱。结束后，在倒着的尸体上浇上汽油，点上火，仍活着的家伙在火中动了再杀。后来燃起了熊熊大火，屋顶上所有的瓦片都落了下来，火星四溅。回来的路上回头看，火仍烧得通红。”（［日］《井家又一日记》，孙宅巍编《南京大屠杀史料集》第5册《遇难者的尸体掩埋》，江苏人民出版社2005年版，第396页）原日军士兵冈本健三曾介绍在南京机场附近，将四五百具被屠杀的尸体进行焚烧的情况。他写道：
射击开始，有人抢先夺路而逃。即使逃跑，但因为到处都架有机枪，结果也必然被枪杀。当时估计被杀害的有四五百人。事情结束后，日本军把路轨堆起来，上面放着尸体，下面塞进木柴，浇上汽油后统统焚毁。虽说是烧起来了，但内脏之类的东西很不容易燃烧，总是干冒烟。日本军用棒拨动一下，这些尸体就落到下面的洞里。后来，日本军将路轨挪开，把骨灰等掩埋得干干净净。如果有谁知道是用机枪扫射的，那就情况不妙了，可能就是因为这一点，所以在焚毁尸体后再加以掩埋。屠杀大体上是夜间进行的。有时我们的部队也被拉出来，我也干过焚烧尸体的工作，一直要干到第二天，干到很晚。（［日］冈本健三：《参加杭州湾敌前登陆》，孙宅巍编《南京大屠杀史料集》第5册《遇难者的尸体掩埋》，江苏人民出版社2005年版，第408—409页）
原日军第16师团步兵第33联队士兵上西义雄曾参加过焚烧中国死难者的尸体，也见到过多次其他部队焚烧尸体的行动。他详细叙述了焚烧尸体的做法和“理由”。他说：
我们也确实把尸体浇上汽油了。那是在南京城外的小河里浇的，用了中国老百姓来干。往躺在那边的尸体上浇上油就直接烧了。烧尸体的事我们干了很多回，数都数不清了。
12月20日左右，就在我们扫荡的时候，我也每天都能看到别的部队烧尸体，把尸体运到江上的船有30艘左右，大约两个星期里我每天都能看见。我们是在陆地处理的，动用船只的是工兵队。他们动用铁船拖尸体，也用木船。我看见过很多用绳子扎住了拖走的尸体。
我们烧尸体理由是，尸体大致一个星期就开始腐烂，肚子会膨胀开来，到时候会发臭。我们也没戴面罩，就那样烧了。尸体本身有油，火烧得很旺。我们是以分队为单位干的。烧掉的数目相当大。
我们首先进行的是扫荡，搜出人来进行处置，最后处理尸体。使用中国人把尸体扔进江里，或者浇上油烧了。那是中队长直接下的“处理尸体”的命令。各小队全部出动。（［日］松冈环编著、新内如等译《南京战·寻找被封闭的记忆》，上海辞书出版社2002年版，第244—246页）
抛尸入江，是日军处理尸体、毁灭罪证最常用的手段。日军攻陷南京后的数日内，曾在下关煤炭港和中山码头分别屠杀平民数千人，其中一名负伤逃回的青年证实：“敌于是日（按指12月16日）晚，将彼等押至下关煤炭港地方，用绳绑赴，即以机枪惨杀后，抛入扬子江中，彼当时应声而倒，故仅足下负伤。”另据从中山码头屠场逃回之市民张有仁称：被从安全区大方巷搜去之200余名难民，“次日用汽车装至下关中山码头，当时就拣下十余人，余者完全用机枪扫射后将尸体推入江中，所拣下之人用原车装回中岛部队，留作奴役，本人逞［趁］夜间跳墙逃回。”市民孙君亦向远东国际军事法庭陈述日军屠杀及抛尸入江的暴行。他说：“日军曾绑缚中国平民一万人，使排列长江岸旁，然后用机关枪施行扫射，一小时内此一万人悉皆毙命。日军于杀死其中四百人后，即将彼等尸体一一抛诸江内，计费时三十分钟，一部分尸体在江岸曝露达数日之久。”市民史荣禄见证了日军在长江边大窝子屠杀2万名军民，并让一部分被屠杀者先行抛尸入江的暴行。他说：
十二月的一天，我亲眼看到日本兵把很多“中央军”和平民百姓从下游笆斗山赶到老虎山下的大窝子集中起来。那里的两百亩江滩，都站满了解除武装的“中央军”和无辜的百姓。这时日本兵把外围的“中央军”的绑腿带解下来，把绑腿带连结起来，防止跑掉。然后，他们以升日本旗为号，三挺机枪，交叉进行扫射，把手无寸铁的“中央军”和无辜者全部射死。有没死的，日本兵就用刺刀捅。第二天日本兵又继续赶，把中国人赶到大窝子后，叫他们把头一天杀死的尸体抬去丢在大江里，然后又把这些中国人扫射死。这样连续屠杀了三天，被枪杀的“中央军”和无辜者约二万余人。
原日军第16师团步兵第33联队士兵山冈敏一曾亲历这种屠杀、抛尸入江反复交替进行的行为。他说：“有的被枪当场打死，也有的只是被打倒。士兵们就把这些人统统扔到江里去。我就曾经拖着活人的手脚把他们扔进了江里头。然后又是将中国人排成排给我们枪毙。然后又是咚咚咚往长江里扔。”（［日］松冈环编著、新内如等译《南京战·寻找被封闭的记忆》，上海辞书出版社2002年版，第354页）原日军军官黑濑市夫于1954年作证：“在南京下关扬子江岸有500具弃尸（中国人），由日本军汽艇将其拖入江心。”（《日本军官黑濑市夫关于南京大屠杀的证言》，1954年4月4日，中央档案馆等编《日本帝国主义侵华档案资料选编》第12辑《南京大屠杀》，中华书局1995年版，第891页）也有些时候，日军部队专门进行屠杀，另强迫一部分百姓，跟着按其指令，将尸体抛入江中。原日军第16师团步兵第33联队士兵上西义雄曾见到这种处理尸体的场景。他说：
我看见过处置尸体的场景。扫荡完了用机枪扫射，大概花了一个星期到10天的时间。我们每天都出动。关于那些尸体的处理，就是我们中队先把人处置了，再让中国人收拾干净，第二天再打死一批，然后再收拾，天天这样。
处置尸体的地方在城外，扬子江沿岸的码头一带。说到处理，就是把尸体扔到江里。负责扔的是中国人自己。他们的衣服上有蓝色和黄色的圆形标记，形状像是菊纹（日本皇室的徽章——译者注）上的花瓣。这标志就别在胸前。别了这标志的中国人就只负责处理尸体。我们一般用普通老百姓来干这活。
他们用手把尸体拖起来扔到江里去，人数大概有一个分队，12个到13个。这些人都是听从日本兵的指示来收拾尸体的。（［日］松冈环编著、新内如等译《南京战·寻找被封闭的记忆》，上海辞书出版社2002年版，第244页）
日本随军记者今井正刚，目睹了中国苦力将被屠杀者的尸体抛入江中后，又遭日军屠杀的场面。他写道：
我们走到江岸边，混浊的扬子江水犹如一条黑色的带子，仍在筋疲力竭地流着。乳白色的晨雾，就像爬在水面上一样，笼罩着大江。黎明就要来了。
整个码头，是一座黑黝黝的尸山。有五十个或许到一百个人影在其间来回走动，他们在往江里拖尸体。痛苦的呻吟，流淌的鲜血，痉挛的肢体，再加上哑剧般的寂静。
对岸隐约可见。就像月光下的泥泞一样，整个码头在微微闪光，那是血。
不久，结束了作业的“苦力”们被迫朝着江岸站成一行。“哒哒哒……”机枪的声音，仰身，倒下，就像跳舞似的，这一伙人落入江中。
结束了！（［日］本多胜一著，刘春明等译《南京大屠杀始末采访录》，北岳文艺出版社1997年版，第287页）
原日军第16师团步兵第20联队士兵东史郎，曾目睹江水中被抛入尸体堆满的景象。他在1938年1月23日的日记中写道：
天一亮，展现在我们面前的是一幅令人目不忍睹的情景——沿江岩壁，牛猪般惨遭屠杀的敌军尸体——司空见惯的黑尸体，好像被充了气，膨胀得几乎快要破裂的尸体犹如一堆大肥猪在水边堆积如山。混浊的黄水无情地冲刷到肮脏的黑尸体上。有的尸体像圆木在水面上晃动，有的尸体被压在渡轮下面。士兵们穿着掌铁钉的军靴，踏着腐烂得发臭的内脏都要涌出来的浮肿的尸体，俨如踏过垫脚石一般，咚咚咚地登上了渡轮。
蒋介石的忠勇士兵，抗日的英雄，枪口面对着我们的英勇抗战的战士们，结果都成了粪土。水上工兵过来吃力地在小船上用长杆铁钩像钩腐臭的萝卜一样地把这些尸体钩到船上再放到江水里冲走。工兵们把钩子扎进已经浮肿的尸体，每个士兵拉一个，一条船一次可以拉五个。（［日］东史郎著，《东史郎日记》，江苏教育出版社1999年版，第218—219页）
如上所述，日军各支部队用焚烧、投江等办法来毁尸灭迹的现象，大量存在，亦为众多日军所目睹或记录。这是历史的真实，任何人也无法否定。但是，由于这种现象分散地发生在日军各支部队中，目前尚未发现有此类的专门统计。因此要得出一个准确的数字，或用以证明前述太田寿男所称，“估计由其他部队投江的尸体有5万具”，是难以做到的。这还有待于进一步挖掘和发现新的、更有力、更完整的资料。
1937年侵华日军攻陷南京后进行大屠杀
对于南京大屠杀尸体处理的研究，是一项十分复杂的工作，必须考虑到各个方面的因素。
如上所述，对于南京大屠杀遇难同胞尸体的处理，其有据可查者计有：各慈善团体收尸19.8万具，私人收尸4.2万具，伪政权收尸1.6万具，扣除明显重复交叉的1万具，总计已达24.6万具。
关于被毁弃的尸体，考虑到有关毁尸记录相互之间重复的可能，以及毁尸与部分埋尸数字之间交叉的可能，认定有若干万具尸体被日军抛入长江或焚尸灭迹，这应当是没有疑问的。
此外，还应充分估计到，有相当数量的尸体，没有被统计到任何一种处理尸体的数字之中。例如：已被死者亲友个别、零散收埋者；已被日军个别焚毁，而为档案资料所不记者；已被有组织地收埋，但由于档案资料的散失，现已无从查考者；少数因位置荒僻、隐蔽，一直未被收埋者；等等。这类数字，面广量大，不可忽视。
当然，在被收埋的数字中，也包含了数千名在南京保卫战中阵亡的将士。纵然各支掩埋队的统计数字中，包含了部分在战斗中牺牲的军人，也无妨其收埋尸体的数字，成为证明大屠杀规模的有力依据。
综合以上各点，在南京大屠杀事件中，共有24.6万余尸体分别为慈善团体、私人和伪政权收埋；有数万具尸体被日军焚尸灭迹；另有相当数量的尸体，由于种种原因，未被列入统计；还应在已统计的尸体数字中，酌量扣除数千具在战斗中阵亡的中国军人数字。据此，应当说，1947年中国审判战犯军事法庭对谷寿夫战犯案件判决书中，认定南京同胞“被害总数达三十万人以上”是有充分依据的。